Els vestigis més antics de la presència humana al terme municipal són de la prehistòria, concretament un fons de cabanes de l’època… . També tenim restes i, per tant, la certesa que les cultures ibèrica i romana van arrelar i expandir-se pel nostre territori.
El primer document on consta l’existència de Sant Mori és a l’acta de consagració de l’església del monestir de Sant Miquel de Fluvià el 15 d’octubre de 1066 quan explica els seus límits i diu que al sud té el terme de Sant Maurici (Sant Mori). Anys després, el 1.154, s’esmenta en una acta notarial el noble feudal Bernat de Sant Mori. Un tercer document de 1.286, el testament de Bernat d’Aiguaviva, on aquest senyor feudal deixa al seu nebot Dalmau de Creixell ‘la senyoria del castell de Sant Mori’.
Al segle XV fou nomenat ‘Baró de Sant Mori’ el noble Pere de Rocabertí qui és el personatge relacionat amb Sant Mori que té més anomenada a la història de Catalunya entre altres coses perquè el 1.466 convidà a la reina d’Aragó, Joana Enríquez i al seu fill Ferran (Ferran el Catòlic) a passar uns dies al seu palau de Sant Mori, des d’on la reina convocà Corts Catalanes el 15 d’octubre de 1466.
L’actual castell de Sant Mori, d’estil renaixentista, fou construït en aquella època sobre les runes d’un castell anterior del qual hi ha vestigis a la plaça major de Sant Mori.
L’actual nucli principal del poble de Sant Mori està format per aquest castell renaixentista, per l’església d’estil romànic i les cases que els envolten, la majoria de les quals són dels segles XVII i XVIII algunes d’elles foren construïdes sobre les antigues muralles. A la zona sud d’aquest nucli hi ha un raval anomenat ‘El Puig’ format durant el segle XVIII.
Avui en dia l’aspecte extern de Sant Mori es conserva pràcticament igual que fa dos segles cosa que enorgulleix als seus 140 habitants.