Sant Mori forma part de la comarca de l’Alt Empordà, província de Girona. El terme municipal té una extensió de 7 km² i el poble està a 60 m d’altitud.
Els límits del terme municipal són al nord amb Sant Miquel de Fluvià, a l’est amb Ventalló, al sud amb Saus i a l’oest amb Vilaür i Palau de Santa Eulàlia.